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 Gene Synthesis - supporting software  AccuPower® Gene Synthesis PreMix
 Gene Synthesizer  Gene Synthesis Service
 Directed Protein Evolution  Protein factory
항목 상세사항
코돈 사용 빈도 호스트 유전체의 통계적 코돈 사용 빈도에 맞게 핵산서열을 조절하여 tRNA 농도나 기타 환경에
최적화한다.
제한효소 대상 서열 호스트에 존재하거나 실험 과정에서 제외 또는 포함해야하는 제한효소의 대상 서열들을 핵산서열
에서 제거하거나 추가한다.
GC 비율 조절 AT와 GC의 상대 비율을 조절한다
mRNA 2차구조 조절 발현 효율을 크게 떨어뜨릴 수 있는 특정 2차구조를 미리 예측하여 제거한다.
Tm 조절 DNA 조각의 Tm을 조절해서 조립 환경을 최적으로 만들어 준다.
Multimer 조절 DNA 합성에서 가장 최적으로 생산할 수 있는 길이의 multimer로 DNA 조각을 적절히 분배한다.
소프트웨어 이름 사용 방법 코돈 세트 관련 문헌
GeneDesign -1:1 코돈 지정
-최대 변화 유도
-임의 지정
표준 Richardson et al. Genome Res. 2006
Synthetic Gene Designer -1:1 코돈 지정
-선택적 최적화
-확률적 최적화
다중 Wu et al. Protein Expr. Purif. 2006
OPTIMIZER -1:1 코돈 지정
-몬테 카를로
-1:1 코돈 사용자 지정
다중 Puigbo et al. Nucleic Acids Res. 2007
DNAWorks -상위 2코돈 지정
-임의 지정
표준 Hoover et al. Nucleic Acids Res. 2002
GeMS -몬테 카를로 표준 Jayaraj et al. Nucleic Acids Res. 2005
UPGene -1:1 코돈 사용자 지정 표준 Gao et al. Biotechnol. Prog. 2004